المستخلص
تم جمع (200) عينة سريرية من مرضى يعانون من أمراض مختلفة، وشملت العينات (90) عينة من الإدرار، (43) عينة من القشع، (26) عينة من مسحات الجروح الملوثة، (23) عينة من مسحات الحروق الملوثة، (14) عينة من الدم و(4) عينات من سائل النخاع الشوكي. جُمعت هذه العينات من مستشفى بعقوبة التعليمي، المختبرات التعليمية، ومستشفى البتول التعليمي للفترة من أيلول 2023 إلى كانون الثاني 2024.
خضعت جميع العينات للإستنبات البكتيري، أظهرت النتائج أن 132 عينة بنسبة (66%) موجبة للزرع البكتيري في حين أن 68 عينة بنسبة (34%) كانت سالبة للزرع البكتيري، شُخصت العزلات باستخدام الطرق الكيموحيوية وتأكيد التشخيص باستخدام VITEK2 compact system. أظهرت النتائج أن 50 عزلة بنسبة (37.87%) تعود إلى بكتيريا Klebsiella pneumoniae إذ كانت نسبتها في الإدرار24 (48%)، القشع 8 (16%)، الدم 6 (12%) ،الجروح 5 (10%)، الحروق 5 (10%)، وسائل النخاع الشوكي 2 (4%).
أظهرت نتائج اختبار الحساسية للمضادات الحيوية أن نسبة مقاومة K. pneumoniae لمضادات مجموعة البيتالاكتام كانت ( Ampicillin 100%،Ceftriaxone 92%، Ceftazidime 74% ، Aztreonam 70 ، Imipenem و Meropenem 48%). بينما كانت مقاومتها اتجاه مضادات الأمينوكلايكوسيد (Amikacin 48%، Tobramycin 42%، Gentamicin 38%). وكانت نسبة المقاومة لمضادات الكينولونات (Levofloxacin وCiprofloxacin 46%). أما لمضاد من مجموعة السلفوناميد (Trimethoprim/Sulfamethoxazole 68%).
أظهرت نتائج اختبار حساسية المضادات الحيوية أن 30 (60%) من عزلات K.pneumoniae متعددة المقاومة (MDR) Multidrug resistance، بينما 14 (28%) عزلة منها مقاومة لثلاث مجاميع من المضادات الحيوية Extensive drug resistance (XDR)، 6 (12%) من العزلات كانت حساسة لمعظم المضادات الحيوية Multi-drug sensitive (MDS).
تم اختيار 20 عزلة من عزلات بكتيريا K. pneumoniae (MDR,XDR) لتحديد تركيز المثبط الأدنى (MIC) باستخدام جهاز VITEK2 compact system ، تروحت قيمة (MIC) لمضاد Ampicillin (32 – 16) مايكروغرام/مل، Aztreonam (64-16)مايكروغرام/مل ، Ceftazidime (64-4) مايكروغرام/مل، Imipenem (16-0.25) مايكروغرام/مل، Meropenem (8-16) مايكروغرام/مل، Gentamicin (16-1) مايكروغرام/مل، Amikacin ( 2-64) مايكروغرام/مل، Tobramycin (16) مايكروغرام/مل، Ciprofloxacin (2-4) مايكروغرام/مل، وأخيراً Trimethoprim / sulfamethoxazole (320-20) مايكروغرام/مل.
تم اجراء الكشف المظهري عن بعض عوامل الضراوة المهمة ل 20 عزلة من عزلات بكتيريا K.pneumoniae (MDR,XDR)، إذ تم الكشف عن إنزيمات البيتالاكتاميز واسعة الطيف Extended Spectrum β– Lactamase enzymes (ESBLs)، وإنزيمات البيتالاكتاميز المعدنية Metallo β– Lactamase enzymes (MBLs)، وإنزيمات Ampicillinase Class C Beta Lactamase enzymes (AmpC)، وكانت نسبتها 16 عزلة (80%) أنتجت إنزيمات ESBLs، 20 (100%) أنتجت MBLs، و5(25%) أنتجت AmpC. وتم التحري المظهري عن وجود المحفظة Capsule وأظهرت النتائج أن جميع العزلات قيد الدراسة (20) عزلة (MDR,XDR) محاطة بالمحفظة.
لدراسة المكنون الوراثي الكامل Whole genome sequence لبكتيريا Klebsiella pneumoniae تم اختيار 2عزلة سريرية مختلفة المصدر، عزلة من سائل النخاع الشوكي (رقم K13) والقشع (رقم K43) مقاومة لجميع المضادات الحيوية المستخدمة قيد الدراسة (XDR) ومنتجة لإنزيمات البيتالاكتاميز النمط الظاهري ومغلفة بالمحفظة، للكشف عن جينات البيتالاكتاميز. ولمعرفة تسلسل NGS للعزلات تم تحليل النتائج باستعمال جهاز MiSeq (v2 reagents) Illumina، وأدوات المعلومات الحيوية (ResFinder ، PlasmidFinde ) لمعرفة جينات المقاومة والبلازميدات. تم اكتشاف العديد من جينات المقاومة تتوسط في إنتاج β-lactamases باستخدام WGS، بما في ذلك جينات ذات الطيف الممتد ESBLs وMBLs وAmpC، مثل (blaSHV-28/79, blaTEM-1B, blaCTX-M-15, blaCMY-6, blaNDM-1/2, blaMOX-1, blaDHA-1). فضلًا عن مقاومة Quinolone تتضمن (OqxA، OqxB، qnrS1، qnrB4، parC، acrR). فضلًا عن جينات الإنزيمات المعدلة ل Aminoglycoside (rpsL، aac(3’)-lla، aac(6′)-Ib3، aadA5، rmtC، aph(3’)-la)، جينات مقاومة Sulfamethoxazole Trimethoprim/ (dfrA17، sul1)، جينات مقاومة Tetracycline(tetA، tetD، ramR)، جينات مشفرة لمقاومة Fosfomycin (fosA6)، وجينات تمنح مقاومة Chloramphenicol (catA2)، بينما تم الكشف عن جينات أخرى تمنح مقاومة Macrolide (mphA)،وجينات تمنح مقاومة Carbapenem (7OmpK35,OmpK36,OmpK3).
أما البلازميدات، أظهرت النتائج أن العزلة رقم K13) كانت تحمل البلازميدات IncFIB(K) ، IncFII(K) ، بينما العزلة (رقم K43) تحمل البلازميدات
IncHI1B(PNDM-MAR), IncF(K)(PCV1099-114), IncFII(K), IncC
أظهرت النتائج هناك طفرات حصلت في بعض الجينات الخاصة بعزلات الدراسة منها جينات العزلة رقم K13 (ompK36; ompK37) ، وجينات العزلة رقم K43 (acrR;blaSHV-28).
تم تقديم بيانات الجينوم الخام للعزلات ذات الأرقام (K13,K43) إلى المركز الوطني للمعلومات التكنولوجيا الحيوية (NCBI)، وتم إيداع التسلسلات الجينومية لعزلات Klebsiella
pneumoniae العراقية تحت المشاريع الحيوية بإسم (ZMT13, ZMT43) (أرقام الانضمام PP892203.1، PP892204.1)، على التوالي.
